ADL: More atom types and maps

renatoff@usp.br renatoff at usp.br
Wed Apr 26 11:30:22 PDT 2006


Dear Garret,
I change the Makefile according your suggestion, and then I type "make". The
message I got is:

#############################
[root at ariadne autogrid]# make
g++  -DNDEBUG     -O3     -c main.c
main.c: In function `int main(int, char**)':
main.c:936: warning: converting to `int' from `double'
g++  -DNDEBUG     -O3    -c check_size.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c setflags.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c timesys.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c timesyshms.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c printhms.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c prHMSfixed.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c printdate.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c strindex.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c banner.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c gpfparser.c
g++  -DNDEBUG     -O3    -c get_atom_type.c
echo . on `date` using' >>> ' `hostname` ' <<<' >> LATEST_MAKE
echo 'Flags: 'g++  -DNDEBUG     -DNDEBUG     -O3      -lm  >> LATEST_MAKE
g++  -DNDEBUG     -DNDEBUG     -O3      -o autogrid3 main.o check_size.o
setflags.o timesys.o timesyshms.o printhms.o prHMSfixed.o printdate.o
strindex.o banner.o gpfparser.o get_atom_type.o -lm
############################

############################
[root at ariadne autodock]# make
g++  -DNDEBUG     -O3    -c -DWRITEPDBQSTATE main.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c analysis.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c banner.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c bestpdb.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c call_glss.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c call_gs.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c call_ls.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c changeState.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c check_header_float.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c check_header_int.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c check_header_line.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c cluster_analysis.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c clmode.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c -DEINTCALPRINT cmdmode.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c cnv_state_to_coords.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c com.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c stateLibrary.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c readfield.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c readmap.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c readPDBQ.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c dpftypes.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c eval.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c evaluate_energy.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c gencau.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c getrms.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c get_atom_type.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c getInitialState.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c getpdbcrds.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -DCHECK_ISNAN -c gs.cc -o gs.o
gs.cc: In constructor `Genetic_Algorithm::Genetic_Algorithm(EvalMode,
Selection_Mode, Xover_Mode, Worst_Mode, int, float, float, int, unsigned int,
unsigned int)':
gs.cc:170: warning: converting to `int' from `double'
gs.cc:170: warning: converting to `int' from `double'
g++  -DNDEBUG     -O3    -c initautodock.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c input_state.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c investigate.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c linpack.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c ls.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c mapping.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c minmeanmax.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c mkNewState.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c mkTorTree.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c mkRandomState.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c nonbonds.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c openfile.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c output_state.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c parse_com_line.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c parse_dpf_line.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c parse_pdbq_line.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c parse_trj_line.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c print_2x.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c print_atomic_energies.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c print_avsfld.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c -DWRITEMOLASPDBQFUNC writePDBQ.cc -o
writeMolAsPDBQ.o
g++  -DNDEBUG     -O3    -c writePDBQ.cc -o writePDBQ.o
g++  -DNDEBUG     -O3    -c -DWRITEPDBQSTATE writePDBQ.cc -o writePDBQState.o
g++  -DNDEBUG     -O3    -c print_rem.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c printdate.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c printEnergies.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c printhms.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c prClusterHist.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c prInitialState.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c prTorConList.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c qmultiply.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c qtransform.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c quicksort.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c ranlib.cc
ranlib.cc: In function `FourByteLong ignbin(FourByteLong, float)':
ranlib.cc:766: warning: converting to `FourByteLong' from `float'
ranlib.cc:791: warning: converting to `FourByteLong' from `float'
ranlib.cc:801: warning: converting to `FourByteLong' from `float'
ranlib.cc:808: warning: converting to `FourByteLong' from `double'
ranlib.cc:816: warning: converting to `FourByteLong' from `double'
g++  -DNDEBUG     -O3    -c rep.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c scauchy.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c set_cmd_io_std.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c setflags.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c simanneal.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c sort_enrg.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c stop.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c strindex.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c success.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c summarizegrids.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c support.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c swap.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c timesys.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c timesyshms.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c torNorVec.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c torsion.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c usage.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c weedbonds.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c warn_bad_file.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -DNOSQRT -DBOUNDED -c eintcal.cc -o eintcal.o
g++  -DNDEBUG     -O3    -DNOSQRT -DBOUNDED -DEINTCALPRINT -c eintcal.cc -o
eintcalPrint.o
g++  -DNDEBUG     -O3    -DNOSQRT -c intnbtable.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -DNOSQRT -c nbe.cc
g++  -DNDEBUG     -O3    -c trilinterp.cc
ar r  libad.a analysis.o banner.o bestpdb.o call_glss.o call_gs.o call_ls.o
changeState.o check_header_float.o check_header_int.o check_header_line.o
cluster_analysis.o clmode.o cmdmode.o cnv_state_to_coords.o com.o
stateLibrary.o readfield.o readmap.o readPDBQ.o dpftypes.o eval.o
evaluate_energy.o gencau.o getrms.o get_atom_type.o getInitialState.o
getpdbcrds.o gs.o initautodock.o input_state.o investigate.o linpack.o ls.o
mapping.o minmeanmax.o mkNewState.o mkTorTree.o mkRandomState.o nonbonds.o
openfile.o output_state.o parse_com_line.o parse_dpf_line.o parse_pdbq_line.o
parse_trj_line.o print_2x.o print_atomic_energies.o print_avsfld.o
writeMolAsPDBQ.o writePDBQ.o writePDBQState.o print_rem.o printdate.o
printEnergies.o printhms.o prClusterHist.o prInitialState.o prTorConList.o
qmultiply.o qtransform.o quicksort.o ranlib.o rep.o scauchy.o set_cmd_io_std.o
setflags.o simanneal.o sort_enrg.o stop.o strindex.o success.o summarizegrids.o
support.o swap.o timesys.o timesyshms.o torNorVec.o torsion.o usage.o
weedbonds.o warn_bad_file.o eintcal.o eintcalPrint.o intnbtable.o nbe.o
trilinterp.o
ar: creating libad.a
ranlib   libad.a
echo . '  on  '`date`', using '`hostname` >> LATEST_MAKE
echo 'Flags: 'g++  -DNDEBUG     -O3     -DNOSQRT -L. -lad -lm  >> LATEST_MAKE
g++  -DNDEBUG     -O3     -DNOSQRT -o autodock3 main.o -L. -lad -lm
#############################

The compilation seens to run without errors and the programs seem to work, but
when I try to run the autogrid with more than 8 maps I got the message:

###################
[renato at ariadne teste]$
/home/progs/autodock/dist305/bin/i86Linux2/autogrid3: ERROR:  The number of
atom
maps requested (9) plus 1 for the electrostatics map, is too many;  this
program
can only calculate 8 maps.  Change the definition of "MAX_MAPS" in
"autocomm.h".
####################

I am using AutoDock 3.0.5 under RHEL 3.
I'm sending the Makefile attached. Any suggestion?

Thanks for your help in advance!

Renato


Citando "Dr. Garrett M. Morris" <garrett at scripps.edu>:

> You have to edit the "Makefile" to reflect the platform you are  
> compiling on.  I presume you are not compiling for Cygwin.
> 
> Specifically, change lines 297-298 to look like this:
> 
>      297 LINKOPT = $(CSTD) $(OPT) # SGI
>      298 # LINKOPT = $(CSTD) $(OPT) -Wl,--stack=0x2000000 # Cygwin,  
> 32MB stacksize


More information about the autodock mailing list