ADL: vina virtual

horse16031603 at yahoo.co.jp horse16031603 at yahoo.co.jp
Sat Nov 21 23:19:48 PST 2020


Dear honorable Autodock users:I try to virtual screening by Vina and ZINC ligands (9872 molecules, file 1).But error shows up (file 2).
Bash file (file 3) is the one I used for my publication (attached file: vsdk.pdf )which worlked well.
I appreciate your advice to solve this error.
All the best.
Eiichi


*** file 1***REMARK        2

REMARK Name = ZINC000000517234

REMARK 4 active torsions:

REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)

REMARK   1  A    between atoms: C2_2  and C4_4

REMARK   2  A    between atoms: C4_4  and C5_5

REMARK   3  A    between atoms: C5_5  and C6_6

REMARK   4  A    between atoms: N8_8  and C9_9

REMARK                            x       y      z     vdW  Elec      q    Type

REMARK                         _______ ______________ _____ _____    ______ ____

REMARK

ATOM     9  C9  <0> d          -6.176   1.669  0.147  0.00  0.00   -0.010 C 

ATOM    10  C10 <0> d          -7.186   1.421 -0.721  0.00  0.00   +0.320 C 

ATOM    11  N11 <0> d          -8.373   2.097 -0.591  0.00  0.00   -0.630 N 

ATOM    12  C12 <0> d          -8.542   3.002  0.389  0.00  0.00   +0.700 C 

ATOM    13  O13 <0> d          -9.602   3.590  0.484  0.00  0.00   -0.550 OA

ATOM    14  N14 <0> d          -7.556   3.269  1.265  0.00  0.00   -0.650 N 

ATOM    15  C15 <0> d          -6.375   2.624  1.179  0.00  0.00   +0.550 C 

ATOM    16  O16 <0> d          -5.484   2.865  1.973  0.00  0.00   -0.480 OA

ATOM    18  H23 <0> d          -9.096   1.920 -1.212  0.00  0.00   +0.440 HD

ATOM    19  H24 <0> d          -7.697   3.925  1.965  0.00  0.00   +0.430 HD

ENDREMARK

BRANCH  9   8

ATOM     6  C6  <0> d          -3.809   1.679 -0.140  0.00  0.00   +0.520 C 

ATOM     7  O7  <0> d          -3.845   2.883 -0.285  0.00  0.00   -0.520 OA

ATOM     8  N8  <0> d          -4.952   0.987  0.031  0.00  0.00   -0.670 N 

ATOM    17  H21 <0> d          -4.931   0.018  0.074  0.00  0.00   +0.410 HD

BRANCH  6   5

ATOM     5  C5  <0> d          -2.485   0.958 -0.151  0.00  0.00   +0.080 C 

BRANCH  5   4

ATOM     4  C4  <0> d          -1.356   1.968 -0.361  0.00  0.00   -0.050 C 

BRANCH  4   2

ATOM     1  O1  <0> d           0.004   0.037 -0.226  0.00  0.00   -0.700 OA

ATOM     2  C2  <0> d          -0.033   1.247 -0.372  0.00  0.00   +0.490 C 

ATOM     3  O3  <0> d           1.002   1.873 -0.532  0.00  0.00   -0.700 OA

ENDBRANCH  4   2

ENDBRANCH  5   4

ENDBRANCH  6   5

ENDBRANCH  9   8

TORSDOF 4

REMARK

REMARK        3

REMARK Name = ZINC000000517234

REMARK 4 active torsions:

REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)

REMARK   1  A    between atoms: C2_2  and C4_4

REMARK   2  A    between atoms: C4_4  and C5_5

REMARK   3  A    between atoms: C5_5  and C6_6

REMARK   4  A    between atoms: N8_8  and C9_9

REMARK                            x       y      z     vdW  Elec      q    Type

REMARK                         _______ ______________ _____ _____    ______ ____

REMARK

ATOM     6  C6  <0> d          -3.809   1.679 -0.140  0.00  0.00   +0.510 C 

ATOM     7  O7  <0> d          -3.845   2.883 -0.285  0.00  0.00   -0.520 OA

ATOM     8  N8  <0> d          -4.952   0.987  0.031  0.00  0.00   -0.670 N 

ATOM    17  H21 <0> d          -4.931   0.018  0.074  0.00  0.00   +0.390 HD

ENDREMARK

BRANCH  8   9

ATOM     9  C9  <0> d          -6.176   1.669  0.147  0.00  0.00   -0.040 C 

ATOM    10  C10 <0> d          -7.186   1.421 -0.721  0.00  0.00   +0.240 C 

ATOM    11  N11 <0> d          -8.373   2.097 -0.591  0.00  0.00   -0.670 N 

ATOM    12  C12 <0> d          -8.542   3.002  0.389  0.00  0.00   +0.640 C 

ATOM    13  O13 <0> d          -9.602  3.590   0.484  0.00 0.00    -0.630 OA

ATOM    14  N14 <0> d          -7.556   3.269  1.265  0.00  0.00   -0.700 NA

ATOM    15  C15 <0> d          -6.375   2.624  1.179  0.00  0.00   +0.520 C 

ATOM    16  O16 <0> d          -5.484   2.865  1.973  0.00  0.00   -0.570 OA

ATOM    18  H23 <0> d          -9.096   1.920 -1.212  0.00  0.00   +0.390 HD

ENDBRANCH  8   9

BRANCH  6   5

ATOM     5  C5  <0> d          -2.485   0.958 -0.151  0.00  0.00   +0.060 C 

BRANCH  5   4

ATOM     4  C4  <0> d          -1.356   1.968 -0.361  0.00  0.00   -0.040 C 

BRANCH  4   2

ATOM     1  O1  <0> d           0.004   0.037 -0.226  0.00  0.00   -0.710 OA

ATOM     2  C2  <0> d          -0.033   1.247 -0.372  0.00  0.00   +0.490 C 

ATOM     3  O3  <0> d           1.002   1.873 -0.532  0.00  0.00   -0.710 OA

ENDBRANCH  4   2

ENDBRANCH  5   4

ENDBRANCH  6   5

TORSDOF 4


 

 
Partially omitted


 

 
REMARK

REMARK    9781

REMARK Name = ZINC000739742645

REMARK 9 active torsions:

REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)

REMARK   1  A    between atoms: C1_1  and N2_2

REMARK   2  A    between atoms: C3_3  and C5_5

REMARK   3  A    between atoms: C5_5  and C7_7

REMARK   4  A    between atoms: C5_5  and N8_8

REMARK   5  A    between atoms: C9_9  and C11_11

REMARK   6  A    between atoms: C11_11  and O12_12

REMARK   7  A    between atoms: O12_12  and C13_13

REMARK   8  A    between atoms: C13_13  and C14_14

REMARK   9  A    between atoms: C14_14  and N15_15

REMARK                            x       y      z     vdW  Elec      q    Type

REMARK                         _______ ______________ _____ _____    ______ ____

REMARK

ATOM     7  N8  <0> d          -2.510  -2.708  0.011  0.00  0.00   -0.720 N 

ATOM     8  C9  <0> d          -2.771 -3.936   0.501  0.00 0.00    +0.520 C 

ATOM     9  O10 <0> d          -1.869  -4.622  0.932  0.00  0.00   -0.510 OA

ATOM    19  H26 <0> d          -3.232  -2.159 -0.334  0.00  0.00   +0.410 HD

ENDREMARK

BRANCH  7   5

ATOM     5  C5  <0> d          -1.135  -2.201  0.001  0.00  0.00   +0.250 C 

ATOM     6  C7  <0> d          -0.419  -2.694 -1.258  0.00  0.00   +0.050 C 

BRANCH  5   3

ATOM     1  C1  <0> d          -0.018   1.461  0.010  0.00  0.00   +0.290 C 

ATOM     2  N2  <0> d           0.002  -0.004  0.002  0.00  0.00   -0.730 N 

ATOM     3  C3  <0> d          -1.156  -0.694  0.009  0.00  0.00   +0.510 C 

ATOM     4  O4  <0> d          -2.214  -0.102  0.023  0.00  0.00   -0.530 OA

ATOM    18  H22 <0> d           0.849 -0.478  -0.009  0.00 0.00    +0.410 HD

ENDBRANCH  5   3

ENDBRANCH  7   5

BRANCH  8  10

ATOM    10  C11 <0> d          -4.185  -4.458  0.511  0.00  0.00   +0.200 C 

BRANCH 10  11

ATOM    11  O12 <0> d          -4.204  -5.771  1.074  0.00  0.00   -0.350 OA

BRANCH 11  12

ATOM    12  C13 <0> d          -5.505  -6.360  1.131  0.00  0.00   +0.160 C 

BRANCH 12  13

ATOM    13  C14 <0> d          -5.405  -7.757  1.747  0.00  0.00   +0.260 C 

BRANCH 13  14

ATOM    14  N15 <0> d          -4.968 -7.646   3.141  0.00 0.00    -0.780 N 

ATOM    15  C16 <0> d          -4.810  -8.756  3.889  0.00  0.00   +0.660 C 

ATOM    16  O17 <0> d          -5.031  -9.857  3.403  0.00  0.00   -0.730 OA

ATOM    17  O18 <0> d          -4.446  -8.663   5.052 0.00  0.00    -0.730 OA

ATOM    20  H33 <0> d          -4.793  -6.773  3.526  0.00  0.00   +0.370 HD

ENDBRANCH 13  14

ENDBRANCH 12  13

ENDBRANCH 11  12

ENDBRANCH 10  11

ENDBRANCH  8  10

TORSDOF 7


***file 2***attached file:pri_scr_line12.png***
***file 3***1  #!/bin/bash

2  for f inZINC*.pdbqt; do  b=`basename $f .pdbqt`;echo Processing ligand $b; mkdir -p data01; ./Vina/vina --config conf.txt--ligand $f --out data01/$f.pdbqt --log data01/$f.txt; done

3      #result analysis

4      cd data01

5      grep "   1 " *.txt | cut -c1-12,35-42>>result

6      cat result

 ********************


-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: vsdk.pdf
Type: application/pdf
Size: 122895 bytes
Desc: not available
URL: <http://mgldev.scripps.edu/pipermail/autodock/attachments/20201122/7534824a/attachment-0001.pdf>


More information about the autodock mailing list